Taman Nasional Tanjung Puting menghadapi tekanan dari konversi lahan perkebunan kelapa sawit dan perambahan hutan di sekitar wilayah penyangga taman. Banyak habitat alami terfragmentasi sehingga mempersempit ruang hidup satwa seperti orangutan dan bekantan serta meningkatkan konflik manusia satwa liar.

Ancaman lain datang dari kebakaran hutan terutama pada musim kering dan aktivitas pertambangan ilegal yang mencemari sungai serta tanah gambut. Kerusakan lingkungan tersebut juga berdampak langsung ke kualitas air dan keanekaragaman hayati sementara upaya pemulihan memerlukan waktu panjang serta dukungan komunitas lokal dan kebijakan pemerintah yang konsisten.